جامع القرويين يعاني من الإهمال، وربما من ضعف في أشغال إصلاح كبرى سبق أن شهدها منذ سنوات. فقد بدأت بعض جنبات جدرانه وبعض تعاني من التشقق. أما الزليج، فإنه يعاني من التصدع، مما حول بعض فضاءاته إلى بقع فارغة.وحذرت فعاليات محلية من الاستمرار في إهماله بهذا الشكل، حيث أوردت بأن ذلك سيؤدي على تدهور سيشمل أطراف البناية.وتساءلت، في السياق ذاته، عن غياب تتبع أوضاع هذا المسجد التاريخي، ليس فقط في المغرب، وإنما على المستوى العالمي، بالنظر إلى كونه يؤرخ لأعرق جامعة في العالم. كما يؤرخ لتعايش ديني، ولمرور علماء يهود ومسيحيين، حيث كان منارة علم، وكان أيضا مسجدا للصلوات والوعظ والإرشاد.