ظهرت محاكم التفتيش بأمر من الملكين الإسبانيين فرديناند وإيزابيلا عام 1478، وكان الهدف الرئيس منها التخلص من معتنقي اليهودية والإسلام وكذلك أي معتقدات أخرى معارضة للكاثوليكية.

شنت محاكم التفتيش حملت ملاحقة شعواء حتى ضد أولئك الذين أجبروا على التحول إلى المسيحية، وتم اتهامهم بممارسة دياناتهم السابقة سرا. زج من شُك في مسيحيتهم في زنزانات مظلمة وسيئة التهوية في جميع أرجاء شبه الجزيرة الإيبيرية.

أجبرت أعداد كبيرة من المسلمين واليهود بصورة منهجية على مغادرة الأندلس، وجرى طرد أكثر من 160 ألف يهودي، وفي وقت لاحق في عام 1609 أجبر حوالي 300 ألف مسلم على مغادرة منازلهم وفقا لمرسوم حاسم أصدره الملك فيليب الثالث قضى بطرد جميع المسلمين المغاربة. هذه الخطوة افرغت مناطق اندلسية مثل "بلنسية" و"أراغون" من حوالي ثلث سكانها.

تأسست محاكم التفتيش قبل سقوط غرناطة بحوالي 14 عاما، وكانت تهدف بشكل عام إلى القضاء على جميع المعتقدات التي اعتبرت مبتدعة. بواسطتها، تعرض اليهود والمورسكيون، الاسم الذي أطلق على المغاربة المسلمين للاضطهاد الشديد، وطال نشاط هذه المحاكم في وقت لاحق أيضا الساحرات.

تحولت محاكم التفتيش في القرن السادس عشر أيضا إلى آلة قمع عنيفة لوقف انتشار البروتستانتية في إسبانيا. استمر عمل محاكم التفتيش في هذا البلد حتى عام 1834، وصدر حينها مرسوم ملكي بإلغائها.

بالنسبة للبرتغال استمرت محاكم التفتيش في العمل بين عامي 1536 – 1821، وكان نشاطها منصبا على اضطهاد غير الكاثوليكيين، ومواجهة أي ممارسات أو آراء تتعارض مع الكنيسة الكاثوليكية بالقوة. البرتغال بدأت في محاولة كبح محاكم التفتيش بمرسوم صدر في 5 مايو 1751 فرض رقابة الحكومة على نشاطها.

مارست محاكم التفتيش أساليب تعذيب رهيبة، واستخدمت آلات معقدة لهذا الأمر الحقت أكبر أذى بالضحايا، وأحيانا كان يموت الشخص الذي يتعرض لمثل هذا الاستجواب العنيف قبل استكماله. المتهم بالهرطقة بعد أن يتم إجباره على الاعتراف أمام الملأ ينفذ فيه حكم الإعدام.

آلات التعذيب الجهنمية:

استخدمت محتاكم التفتيش العديد من آلات التعذيب بعضها صنع بطريقة معقدة من الحديد والخشب، وكانت تهدف إلى كسر عظام المعتقلين بلا رحمة وانتزاع الاعترافات منهم، من نماذجها ما يلي:

إحدى هذه الآلات المرعبة، واحدة عبارة عن عجلة خشبية كبيرة تربط الضحية عليها من القدمين والمعصمين، ثم يقوم الجلاد بضرب الأطراف بمطرقة أو قضيب حديدي وسحق كل عظمة في جسد الضحية. أحيانا ترفع هذه العجلة على عمود وتعرض في ساحة عامة بمثابة وسيلة إشهار رهيبة لإشاعة الرعب.

طريقة تعذيب أخرى تسمى الحذاء الإسباني، وهي عبارة عن جهاز معدني تحشر فيه ساق الضحية أو قدمه وتحاط بصفيحتين أو مشبكين يتم تثبيتهما بالبراغي. يشد الجلاد البراغي فتضغط الصفيحتان على الساق وتهشمها. في بعض الأحيان يتم سكب الماء المغلي داخل هذا "الحذاء" الرهيب أو إضافة الفحم المتقد. الضحايا إذا أطلق سراحهم بعد تعرضهم للتعذيب بهذه الآلة، يخرجون مشلولين أو عاجزين عن المشي من دون مساعدة.

آلة تعذيب ثالثة عبارة عن مستطيل خشبي يشبه الطاولة يتم تمديد الضحية عليهن وربط ذراعيه وأرجله بالحبال. الحبال توصل برافعات، وحين يقوم الجلاد بتدويرها يتم سحي جسد الضحية من الجهتين ما يؤدي إلى تمزق عضلاته. أحيانا تضاف أوزانا توضع على جسد الضحية أو ينهال الجلاد عليه بالسوط للمزيد من الإثارة.

محاكم التفتيش استخدمت آلة تعذيب أخرى تسمى الحمار الإسباني، وهي عبارة عن هيكل خشبي يشبه بردعة الحمار تبرز من سطحه مسامير حادة. يُجلس المتهم على هذا السرج ويُثبت عليه بحيث تتدلى رجلاه على الجانبين.

استخدم جلادو محاكم التفتيش أيضا ما يعرف بالإيهام بالغرق، وفي هذه الطريقة توضع قطعة قماش على وجه الضحية المربوط على لوح مائل، ثم يتم سكب الماء على القماش بصورة متكررة. علاوة على هذه الطريقة استخدمت محاكم التفتيش طريقة أخرة تتمثل في سكب الماء في فم الضحية وإجباره على ابتلاع كمية كبيرة إلى أن يعترف أو يموت.

التعذيب بالإيهام بالغرق لم يختف من الوجود. وكالة الاستخبارات المركزية استخدمته بنشاط في سجونها السرية في أعقاب هجمات 11 سبتمبر 2001. الوكالة حينها دافعت عن هذه الوسيلة بالقول إنها تجعل ألسنة المعتقلين أكثر طلاقة، فيما وضعت وزارة العدل الأمريكية لها تعريفا يصفها بأنها ليست "تعذيبا".