وجه الملك محمد السادس، وفقا لظهير شريف، توجيهات صارمة لتغيير وتتميم النظام الداخلي للمجلس الأعلى لمراقبة مالية الأوقاف العامة، وذلك من أجل حسن تدبير ومراقبة مالية الأوقاف والحفاظ عليها وتثمينها في سياق التطور الذي يشهده القطاع في السنوات الأخيرة.ودعا الظهير الشريف إلى "الوجهة الشرعية حول قضايا الوقف، وبمهمة إنجاز أي بحث أو دراسة حول مختلف مجالات تنمية الوقف العام وتحسين مردوديته، وأساليب تدبيره، وإعداد توصيات المجلس ومقترحاته، التي يحيلها إلى السلطة الحكومية المكلفة بالأوقاف، بعد مصادقة الجمع العام للمجلس عليها".ويحدد الظهير ذاته مهام لجنة الافتحاص المكلفة بدراسة حساب الأوقاف المتعلق بتنفيذ الميزانية السنوية، حيث تهتم بـ "التقارير السنوية التي يرفعها المراقب المالي المركزي للأوقاف والمراقبون المحليون إلى المجلس عن حصيلة نشاطهم، وإبداء الرأي بشأنها، من خلال إعداد تقرير خاص حولها، ترفعه إلى الجمع العام للمجلس، ويتضمن ما قد تثيره التقارير المذكورة من ملاحظات من قبل السلطات الحكومية المكلفة بالأوقاف".كما دعت التعليمات السامية بالتزام إدارة الأوقاف العامة التزاما تاما بالمساطر وبالإجراءات المتعلقة بتنظيم الميزانية، وبمجال المالية والمحاسباتية، وكذا بتلك المرتبطة بالنفقات العمومية.إضافة إلى ضرورة أن "تحرص الإدارة المسؤولة على تدبير الأوقاف العامة على الاستفادة من الملاحظات والتوصيات الوجيهة التي يقدمها المجلس الأعلى لمراقبة مالية الأوقاف العامة، والمتمخضة عن عمليات التدقيق والتقييم الموكولة إليه، قصد تصحيح الاختلالات وأوجه القصور التي يتم الكشف عنها".تجدر الإشارة إلى أن الظهير الشريف جاء بعد أن الرسالة التي وجهها الملك محمد السادس، لكل من وزير الأوقاف والشؤون الإسلامية، ورئيس المجلس الأعلى لمراقبة مالية الأوقاف، ضمنها ستة توجيهات صارمة بشأن مواصلة إصلاح الأوقاف العامة، من أجل الحفاظ عليها وتثمينها وحسن تدبيرها، خاصة على مستوى تدبير مالية وأملاك الأوقاف.